Reference gene considerations for toxicological assessment of the flame retardant triphenyl phosphate in an in vitro fish embryonic model
Notice bibliographique
Résumé
The reliability of relative quantification RT-qPCR depends upon the gene of interest being normalized to one or more reference genes, with the assumption that the chosen reference genes do not experience altered expression with experimental conditions. The correct choice of stable reference genes is critical when investigating alterations to gene transcript levels following exposure to endocrine and metabolic disrupting chemicals, such as the flame retardant triphenyl phosphate (TPhP). This study assessed the stability of eight reference genes following TPhP exposure in embryonic cells derived from rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). The genes β-actin (actb) and 18s rRNA (18s) were stable, while glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (gapdh) relative expression was found to be increased. gapdh is a popular reference gene and has been previously used in the literature for investigating TPhP exposure in teleost fish models. We discuss the implications of gapdh upregulation in the context of TPhP as a metabolic disrupting chemical. Furthermore, we quantified the expression of the tumor suppressor gene p53 following TPhP exposure in relation to different reference genes to use as an example to report on how discrepancies in findings might arise depending on the stability of the chosen reference gene.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».