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Enregistrement W4402660400 · doi:10.1021/acsomega.4c05784

Optimization of Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification for In Situ Detection of SARS-CoV-2 in a Micro-Air-Filtration Device Format

2024· article· en· W4402660400 sur OpenAlexfundno aff
Jacob Fry, Jean Lee, Julie McAuley, Jessica L. Porter, Ian R. Monk, Samuel T. Martin, David J. Collins, Gregory J. Barbante, N.J. FitzGerald, Timothy P. Stinear

Notice bibliographique

RevueACS Omega · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineEngineering
ThématiqueBiosensors and Analytical Detection
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesInstitute of Infection and ImmunityDefence Science and Technology GroupDepartment of Defence, Australian GovernmentUniversity of MelbourneCentre of Excellence in Exciton ScienceDMTCAustralian GovernmentU.S. Department of Defense
Mots-clésLoop-mediated isothermal amplificationReverse Transcription Loop-mediated Isothermal AmplificationIn situSevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)Filtration (mathematics)Coronavirus disease 2019 (COVID-19)Materials scienceLoop (graph theory)2019-20 coronavirus outbreakVirologyReverse transcriptaseChemistryBiologyPolymerase chain reactionMedicineGeneticsGeneInfectious disease (medical specialty)

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

High Resolution Image Download MS PowerPoint Slide The Coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic has supercharged innovation in the field of molecular diagnostics and led to the exploration of systems that permit the autonomous identification of airborne infectious agents. Airborne virus detection is an emerging approach for determining exposure risk, although current methods limit intervention timeliness. Here, we explore reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) assays for one-pot detection of Severe acute respiratory syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) (SCV2) run on membrane filters suitable for micro-air-filtration of airborne viruses. We use a design of experiments statistical framework to establish the optimal additive composition for running RT-LAMP on membrane filters. Using SCV2 liquid spike-in experiments and fluorescence detection, we show that single-pot RT-LAMP on glass fiber filters reliably detected 0.10 50% tissue culture infectious dose (TCID 50 ) SCV2 per reaction (3600 E-gene copies) and is an order of magnitude more sensitive than conventional RT-LAMP.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,331
Score d'incertitude au seuil0,415

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,242
Écart entre enseignants0,222 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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