Synthesis of the O antigen repeating units of <i>Escherichia coli</i> serotypes O117 and O107
Notice bibliographique
Résumé
Escherichia coli serotype O117 (ECO117) are pathogenic bacteria that produce Shiga toxin. Repeating units of the O antigen of ECO117 have the pentasaccharide structure [4-D-GalNAcβ1-3-L-Rhaα1-4-D-Glcα1-4-D-Galβ1-3-D-GalNAcα1-]n. The related non-pathogenic serotype (ECO107) contains a GlcNAc residue instead of Glc in the repeating unit, and the biosynthetic enzymes involved are almost identical. We assembled these repeating units based on GalNAcα-diphosphate-phenylundecyl (GalNAcα-PP-PhU), an analog of the natural intermediate GalNAc-diphosphate-undecaprenyl. We previously characterized α1,4-Glc-transferase WclY from ECO117 that transfers the Glc residue to Galβ1-3GalNAcα-PP-PhU and showed that Arg194Cys mutants of WclY are active α1,4-GlcNAc-transferases. In this work, the reaction products of WclY were used as acceptor substrates for the final enzymes in pathway, L-Rha-transferase WclX, and GalNAc-transferase WclW, demonstrating a complete synthesis of the ECO117 and O107 repeating units. WclX transfers L-Rha with high specificity for the WclY enzyme product as the acceptor and for TDP-L-Rha as the donor substrate. A number of highly conserved sequence motifs were identified (DDGSxD, DxDD, and YR). Mutational analysis revealed several Asp residues are essential for the catalysis of L-Rha transfer, while mutations of Asp44 and Arg212 substantially reduced the activity of WclX. WclW is a GT2 enzyme specific for UDP-GalNAc but with broad specificity for the acceptor substrate. Using L-Rhaα-p-nitrophenyl as an acceptor for WclW, the reaction product was analyzed by NMR demonstrating that GalNAc was transferred in a β1-3 linkage to L-Rha. The in vitro synthesis of the repeating units allows the production of vaccine candidates and identifies potential targets for inhibition of O antigen biosynthesis.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».