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Enregistrement W4402740483 · doi:10.1073/pnas.2402983121

A sensitive assay for measuring whole-blood responses to type I IFNs

2024· article· en· W4402740483 sur OpenAlexfundno aff
Adrian Gervais, Corentin Le Floc’h, Tom Le Voyer, Lucy Bizien, Jonathan Bohlen, Fatih Çelmeli, Fahd Al Qureshah, Cécile Masson, Jérémie Rosain, Marwa Chbihi, Romain Lévy, Riccardo Castagnoli, Anya Rothenbühler, Emmanuelle Jouanguy, Qian Zhang, Shen‐Ying Zhang, Vivien Béziat, Jacinta Bustamante, Anne Puel, Paul Bastard, Jean‐Laurent Casanova

Notice bibliographique

RevueProceedings of the National Academy of Sciences · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
Thématiqueinterferon and immune responses
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesStavros Niarchos FoundationHospital for Sick ChildrenMeyer FoundationAssistance publique-Hôpitaux de ParisCHIST-ERANational Institute of Allergy and Infectious DiseasesAgence Nationale de la RechercheFisher Center for Alzheimer's Research FoundationKing Abdulaziz City for Science and TechnologyCentre National de la Recherche ScientifiqueUniversità degli Studi di PaviaKing Abdullah University of Science and TechnologyFondation du SouffleInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleAssistance Publique - Hôpitaux de ParisEuropean CommissionInstitut des maladies génétiques ImagineMinistère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'InnovationFondation pour la Recherche MédicaleJPB FoundationSCOR Corporate Foundation for ScienceNational Institutes of HealthHORIZON EUROPE Framework ProgrammeFondation Bettencourt SchuellerHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésMonoclonal antibodyWhole bloodInterferonReceptorImmunologyAntibodyImmunityBlocking antibodyMonoclonalInterferon type IVirologyBiologyMedicineImmune systemGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Human inborn errors of the type I IFN response pathway and auto-Abs neutralizing IFN-α, -β, and/or -ω can underlie severe viral illnesses. We report a simple assay for the detection of both types of condition. We stimulate whole blood from healthy individuals and patients with either inborn errors of type I IFN immunity or auto-Abs against type I IFNs with glycosylated human IFN-α2, -β, or -ω. As controls, we add a monoclonal antibody (mAb) blocking the type I IFN receptors and stimulate blood with IFN-γ (type II IFN). Of the molecules we test, IP-10 (encoded by the interferon-stimulated gene (ISG) CXCL10 ) is the molecule most strongly induced by type I and type II IFNs in the whole blood of healthy donors in an ELISA-like assay. In patients with inherited IFNAR1, IFNAR2, TYK2, or IRF9 deficiency, IP-10 is induced only by IFN-γ, whereas, in those with auto-Abs neutralizing specific type I IFNs, IP-10 is also induced by the type I IFNs not neutralized by the auto-Abs. The measurement of type I and type II IFN-dependent IP-10 induction therefore constitutes a simple procedure for detecting rare inborn errors of the type I IFN response pathway and more common auto-Abs neutralizing type I IFNs.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,020
Score d'incertitude au seuil0,256

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,062
Tête enseignante GPT0,327
Écart entre enseignants0,265 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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