Genetic composition, virulence factors, and antimicrobial resistance profiles of Bacillus cereus and Bacillus subtilis isolates from food vendors in Ondo State, Nigeria: implications for food safety
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background This study investigated Bacillus cereus and Bacillus subtilis from food vendors in Ondo State, Nigeria. Methods A comprehensive whole-genome sequencing (WGS) analysis of Bacillus genomes, including genome assembly, plasmid prediction, species identification, antimicrobial resistance (AMR) gene identification, virulence gene identification, and multilocus sequencing typing, was conducted. Results The genome assembly revealed a B. cereus genome with 87 contigs, a length of 5,798,917 base pairs, and a GC content of 34.79%, whereas B. subtilis had a genome length of 4,238,143 bp and was composed of 253 contigs with a contig L50 of 24, a contig N50 of 55,053, and a GC content of 43.14904%. Plasmid prediction revealed the absence of prominent plasmids in the assembled B. cereus genome, whereas the repUS12 plasmid was recognized with an identity of less than 95.63% for the B. subtilis genome. Species identification via the average nucleotide identity (ANI) calculation confirmed that Bacillus cereus had a 98.97% ANI value, whereas a 98.39% ANI value was confirmed for B. subtilis WAUSV36. AMR genes were identified, with virulence genes such as the alo, cytK, and hbl genes also detected in B. cereus, whereas clpX, codY, purA, and purB genes were detected in B. subtilis. Multiple-locus sequence typing (MLST) revealed that B. cereus belongs to sequence type 73 with 100% identity, identifying housekeeping gene alleles, including glp_13, gmk_8, and ilv_9, whereas B. subtilis belongs to sequence type 130, with the ilvD gene showing a perfect match and the highest allele length of 471 for the housekeeping genes identified. Conclusions This detailed WGS analysis provides valuable insights into the genetic composition, potential virulence factors, and resistance profiles of B. cereus and B. subtilis, enhancing the understanding of their pathogenicity and epidemiology. The genomic analysis of B. cereus and B. subtilis revealed potential genomic applications in the context of food safety.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».