406.2: Graft protein shows a distinct signature in donor-specific antibody positive kidney transplant recipients with antibody-mediated rejection.
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: While transplantation is the best treatment for end-stage kidney disease, 50% of grafts fail within 10 years, due mainly to antibody-mediated rejection (ABMR) driven by recipient donor-specific antibodies (DSA). Better strategies are needed to mitigate ABMR, as up to 60% of DSA+ transplant patients do not develop rejection and those with chronic ABMR lack effective treatments. We aim to identify factors regulating kidney protein expression in DSA+ patients with and without rejection.Method: Laser capture microdissection was used to extract glomeruli and tubulointerstitium from formalin-fixed paraffin embedded for-cause kidney biopsies from DSA+ kidney transplant recipients with no rejection (NR, n=45), acute ABMR (aABMR, n=25) and chronic ABMR (cABMR, n=25). Proteins from these tissues were subjected to liquid chromatography mass spectrometry (Q-Exactive HFX) and protein identification was performed using MaxQuant. Perseus software was used to determine significant differential expression within each kidney compartment (ANOVA p<0.05, Tukey post-hoc test q<0.05), and the pathDIP database was used to assess pathway enrichment (FDR q<0.05). Results: 61 tubulointerstitial and 150 glomerular proteins were significantly differentially expressed between DSA+ patients with NR, aABMR or cABMR (Fig. 1). Patients with cABMR showed significant upregulation of components of the classical complement pathway in the glomeruli (q=6.1x10-5) and of terminal complement in the tubulointerstitium (q=6.3x10-15), as well as significantly decreased expression of tubulointerstitial proteins linked to mitochondrial metabolism (q=1.8x10-5), compared to all other groups. Patients with aABMR showed upregulation of tubulointerstitial proteins involved in MHC (q=3.7x10-6) and IFNγ (8.6x10-6) signaling, as well as decreased expression of glomerular proteins linked to extracellular matrix organization (q=6.7e-3). Lastly, DSA+ NR patients had a significant upregulation of proteins linked to metabolism (TI, q=1.7e-3) and the citric acid cycle (glom, q=2.1e-3), as well as higher expression of podocyte-specific proteins in the glomeruli, as compared to patients with either AMR subtype. Conclusion: Overall, these results suggest that while acute and chronic ABMR in DSA+ kidney transplant patients both involve concomitant loss of podocyte-specific proteins and metabolic function, the difference between the two ABMR subtypes may stem from the engagement of distinct immune-mediated mechanisms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».