V-211.4: Single-cell RNA sequencing provides insights into intragraft B cell complexity in chronic lung allograft dysfunction (CLAD).
Notice bibliographique
Résumé
Rationale: Chronic lung allograft dysfunction (CLAD) is the major factor limiting long-term survival in recipients of lung transplantation. CLAD has two clinical phenotypes – bronchiolitis obliterans syndrome (BOS) and the more severe restrictive allograft syndrome (RAS). We hypothesized that B cells in the CLAD lung allograft are a heterogeneous population with a unique composition and transcriptional signature, distinct from circulating B cells and from healthy lung B cells. Objective: We aimed to comprehensively define the transcriptomic landscape of B cells in CLAD lung allografts explanted at re-transplantation, and to further delineate B cell differences between BOS and RAS phenotypes. Methods: Single cell suspensions were made from CLAD lungs and matched peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) (n = 13 comprising of 6 BOS and 7 RAS), and normal lungs (n = 6). All cells were subjected to single-cell RNA sequencing (scRNAseq) using the 10X Genomics 3’ assay. Furthermore, B and T cells were sorted from normal lungs (n = 4), CLAD lungs and matched PBMCs (n = 6 comprising of 3 BOS and 3 RAS); these underwent scRNAseq using the 10X Genomics 5’ assay. The 3’ data were utilized to calculate relative B cell proportions. The 5’ data were utilized to analyze B cell transcriptional heterogeneity using Seurat. Results: Immune cells (CD45+/Total) and B cells (CD20+ CD19+ CD79A+/Total) were increased in CLAD compared to normal lungs. Transcriptomic analysis revealed 11 distinct B cell clusters in CLAD and normal lungs, with pathways related to lymphocyte activation and antigen processing/presentation upregulated in CLAD lung B cells compared to normal lung B cells. We found that the relative proportion of a naive B cell cluster was increased, and a CD27- IgD- B cell cluster was decreased, in CLAD lungs compared to matched PBMCs. We found a non-statistically significant increase in the proportion of B cells (B cells/CD45+ cells in Lungs/PBMC) in RAS compared to BOS patients. Expansion of a specific memory B cell subpopulation was observed in RAS compared to BOS lungs (Figure 1). Conclusions: Our study deconvolutes B cell heterogeneity, the relative proportions of various B cell subpopulations, and the unique transcriptomic profiles of B cells in lung allografts of BOS and RAS patients. Our findings may help future identification of alloreactive B cell subsets, which could potentially be targeted for prevention or treatment of CLAD.CIHR Project Grant 173343 (SJ, TM), CME Fellowship in Respiratory Medicine (AB), Sanofi innovations award (TM, SJ).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».