MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4402843131 · doi:10.1128/spectrum.01002-24

Isolation of a <i>bla</i> <sub>NDM-1</sub> -positive strain in Israel predating the earliest observations from India

2024· article· en· W4402843131 sur OpenAlexafffund
Frédéric Grenier, Vincent Baby, Sarah M. Allard, Simon Lévesque, François Papale, Richard Sullivan, Hannah Landecker, Paul G. Higgins, Sébastien Rodrigue, Louis‐Patrick Haraoui

Notice bibliographique

RevueMicrobiology Spectrum · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAntibiotic Resistance in Bacteria
Établissements canadiensCentre Intégré de Santé et de Services Sociaux des LaurentidesCentre intégré de santé et de services sociaux de Chaudière-AppalachesHôpital Charles-Le MoyneCentre Intégré Universitaire de Santé et de Services Sociaux du Saguenay–Lac-Saint-JeanCentre Intégré Universitaire de Santé et de Services Sociaux du Centre-Sud-de-l'Île-de-MontréalCentre Hospitalier Universitaire de SherbrookeUniversité de Sherbrooke
Organismes subventionnairesFonds de recherche du QuébecCanadian Institute for Advanced Research
Mots-clésAcinetobacterBiologyPlasmidStrain (injury)Transposable elementIsolation (microbiology)MicrobiologyGeneticsGeneAntibioticsGenome

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT bla NDM , the most prevalent carbapenemase among carbapenem-resistant Enterobacteriaceae, is thought to have emerged in India, as its initial detection in 2008 was linked to this country, and subsequent retrospective surveys had so far established the earliest bla NDM -positive strains to be isolated in India in 2005. Molecular dating and analyses suggest bla NDM emerged within Acinetobacter species decades prior to 2005 on a Tn 125 transposon. Despite early reports of elevated rates of carbapenem-resistant Acinetobacter species in Israel starting in the 1990s, limited molecular data are available from this location. We searched for bla NDM among Acinetobacter species isolated in Israel between 2001 and 2006. One A. junii strain, Ajun-H1-3, isolated in January 2004, carried bla NDM-1 within a Tn 125 -like transposon on a 49-kb plasmid, pNDM-Ajun-H1-3, making Ajun-H1-3 the earliest NDM-positive isolate observed to date. The pNDM-Ajun-H1-3 plasmid matched numerous BJ01-like NDM-positive plasmids identified from 2005 onward in Acinetobacter species as well as Enterobacterales. These results indicate the need for further retrospective work on global strain archives to shed light on the conditions favoring the emergence as well as subsequent evolution and spread of bla NDM . IMPORTANCE This study presents the earliest observation of bla NDM-1 , isolated in a geographical region distant from where it is believed to have originated. In doing so, this study provides novel insights into the emergence and spread of bla NDM , the most prevalent carbapenemase among carbapenem-resistant Enterobacteriaceae, and its associated mobile genetic elements. It also sheds light on the conditions that foster the evolution of antimicrobial resistance, one of the greatest public health challenges we face.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,188
Score d'incertitude au seuil0,539

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,216
Écart entre enseignants0,209 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueMicrobiology SpectrumMême sujetAntibiotic Resistance in BacteriaTravaux en français237 207