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Enregistrement W4402900588 · doi:10.1002/ajmg.a.63864

Diagnosis of <i>TET3</i>‐Related Beck–Fahrner Syndrome in an Individual With Chorioretinal and Iris Colobomata Using a <scp>DNA</scp> Methylation Signature

2024· article· en· W4402900588 sur OpenAlexafffund
Alice Man, Matteo Di Scipio, Haley McConkey, Rebecca F. Hough, Nina Stein, Eric Chater‐Diehl, Christian R. Marshall, Bekim Sadiković, Resham Ejaz

Notice bibliographique

RevueAmerican Journal of Medical Genetics Part A · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Syndromes and Imprinting
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenMcMaster Children's HospitalWestern UniversityLondon Health Sciences CentreMcMaster University
Organismes subventionnairesGovernment of CanadaOntario GenomicsGenome Canada
Mots-clésEpigeneticsGeneticsDNA methylationPhenotypeBiologyMendelian inheritanceGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Disorders of developmental delay can occur from pathogenic variants in genes responsible for epigenetic regulation. Heterozygous and biallelic pathogenic variants in TET3 have recently been described in TET3-related Beck-Fahrner syndrome (TET3-BEFAHRS), representing an autosomal dominant disorder with variable expressivity. Typical features include intellectual disability and developmental delay. Patients can also present with facial dysmorphism, seizure disorder, ophthalmic findings, and other neurobehavioral features. As the condition has recently been described and few patients have been reported in literature, the full scope of the phenotypic spectrum and approaches to identify them are still emerging. We report an individual meeting the criteria for TET3-BEFAHRS confirmed through clinical, genetic, and DNA methylation episignature analysis, who uniquely presents with bilateral chorioretinal and unilateral right iris colobomata. This case suggests a broader ophthalmic phenotype to TET3-BEFAHRS and demonstrates the utility of episignatures for the diagnosis of Mendelian disorders of epigenetic machinery.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Étude de cas · Signal consensuel: Étude de cas
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,277
Écart entre enseignants0,265 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeÉtude de cas
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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