Development of multi-species qPCR assays for a stress transcriptional profiling (STP) Chip to assess the resilience of salmonids to changing environments
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Ecologically and socio-economically important salmonid fishes in Canada are threatened by diverse environmental stressors. However, predicting species’ responses to environmental change requires understanding the underlying molecular mechanisms governing environmental stress tolerance. Developing advanced molecular genetic tools will provide opportunities to predict how salmonid fishes will respond to environmental stressors and assess their adaptive potential and vulnerability into the future. Here, we developed a panel of Taqman quantitative PCR (qPCR) assays designed to measure mRNA transcript abundance at selected candidate loci for use across salmonids. We designed and applied those assays for use in a high-throughput nanofluidic OpenArray Stress Transcriptional Profiling Chip (STP-Chip) capable of 2688 simultaneous qPCR at multiple gene loci (112 targets for 12 samples in duplicate). Using the nanofluidic STP-Chip, we tested these 112 multi-species qPCR assays using gill, liver and muscle tissue from eight species of salmonids across four genera. Of the selected 112 assays, 69 assays showed amplification in gill, 64 in liver, and 67 in muscle across all eight salmonid species. The percentage of assays that showed amplification across three tissues varied between genera: In general, Salmo , Oncorhynchus , and Salvelinus species showed a higher success rate than Coregonus species. Stress, circadian rhythm, apoptosis, growth-metabolism, and detoxification-relevant assays showed high success rates for amplification across all salmonid species for all three tissues. In contrast, neural plasticity, appetite regulation, osmoregulation, immune function, endocrine disruption, and hypoxia-relevant assays showed low success. Not surprisingly, we observed tissue-specific variation among qPCR amplification patterns. There were significant differences in mRNA transcript abundance among species across the four genera, but we did not see variation between species from the same genus. These qPCR assays can be used to design custom STP-Chips that can be used for quantifying stress in salmonid fish, improving health through more accurate diagnostic tests for disease, and monitoring adaptation to accelerated climate change regionally and globally.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».