Replication of a GWAS signal near <i>HLA-DQA2</i> with acute myeloid leukemia using a disease-only cohort and external population-based controls
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Acute myeloid leukemia (AML) is the most common type of acute leukemia in adults. Its risk factors include rare and highly penetrant somatic mutations. Genome-wide association studies (GWAS) have also identified four common inherited variants associated with AML risk, but these findings have not yet been confirmed in many independent datasets. Here, we performed a replication study with 567 AML cases from the Leucegene cohort and 1,865 controls from the population-based cohort CARTaGENE (CaG). Because genotypes were generated using different technologies in the two datasets (e.g. low- vs. high-coverage whole-genome sequencing), we applied stringent quality-control filters to minimize type I errors. We showed using data reduction methods (e.g. principal component analysis [PCA] and uniform manifold approximation and projection [UMAP]) that our approach successfully integrated the Leucegene and CaG genetic data. We replicated the association between cytogenetically normal (CN)-AML and rs3916765, a variant located near HLA-DQA2 (odds ratio [95% confidence interval] = 1.88 [1.21-2.93], P- value=0.005). The effect size of this association was stronger when we restricted the analyses to AML patients with NPM1 mutations (odds ratios >2.35). We found HLA- DOB to be the most significantly upregulated gene in Leucegene participants with the CN-AML protective A-allele at rs3916765. We further found that several HLA class II genes are also differentially expressed albeit at lower statistical significance. Our results confirm that a common genetic variant at the HLA locus associates with AML risk, providing new opportunities to improve disease prognosis and treatment.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,009 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».