MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4402919222 · doi:10.1101/2024.09.25.615009

Fis family members synergistically control the virulence of <i>Legionella pneumophila</i>

2024· preprint· en· W4402919222 sur OpenAlexfundno aff
Claire Andréa, Christophe Ginévra, Anne Vianney, Nathalie Baïlo, Annelise Chapalain, Laetitia Attaiech, Kévin Picq, Caroline Ranquet, William Nasser, Patricia Doublet, Elisabeth Kay

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueLegionella and Acanthamoeba research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesÉcole Normale Supérieure de LyonCentre National de la Recherche ScientifiqueUniversité Claude Bernard Lyon 1Agence Nationale de la RechercheInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleInstitut national de la recherche scientifique
Mots-clésLegionella pneumophilaVirulenceLegionellaMicrobiologyControl (management)BusinessBiologyComputer scienceBacteriaGeneticsGeneArtificial intelligence

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Legionella pneumophila virulence is controlled in a growth phase-dependent manner by a complex regulatory network involving several two-component systems, small regulatory RNAs and the translational CsrA regulator. Here, we address the additional role of Nucleoid-associated proteins (NAP) regulators in this network, by investigating the regulatory functions of the three Fis paralogs (Fis1, Fis2, Fis3), a unique feature among bacteria, in the infection cycle of L. pneumophila . Specifically, we show that deletion of fis1 has a major impact on L. pneumophila virulence, and that deletion of fis2 enhances the intensity of this phenotype. Consistently, RNA-seq analysis and reporter gene fusions demonstrate the predominant role of Fis1 in the regulation of many virulence-related genes, including those involved in the flagellum, pili biosynthesis, and Dot/Icm type 4 secretion machinery, as well as several genes encoding Dot/Icm effectors. Both Fis1 and Fis2 bind to AT-rich motifs upstream their target genes, but Fis1 with higher affinity than Fis2. Importantly, Fis1 and Fis2 would be capable of forming heterodimers that could bind with variable affinity to this AT-rich motif. It is also important to note that the three Fis proteins are not produced at the same time and in the same amounts. We therefore hypothesize that the duplication of fis genes in L. pneumophila is not simply a back-up system to compensate for potentially deleterious mutations in a fis gene, but rather a means to fine-tune the expression of targeted genes, particularly virulence genes. IMPORTANCE Appropriate control of virulence gene expression is crucial to the success of bacterial infection. Nucleoid-associated protein regulators, including Fis proteins, have been shown to participate in the virulence of several human pathogens. The importance of our discovery lies in the fact that L. pneumophila possesses three non-homologous Fis proteins instead of just one. We demonstrate that Fis1 and Fis2 are not functional duplicates of each other. On the contrary, Fis1 and Fis2 are synthesized neither simultaneously nor in equal amounts during the bacterial growth phase, and they cooperate to regulate virulence gene expression by targeting similar AT-rich motifs, albeit with distinct affinity, and by being capable of forming heterodimers. Taken together, our data suggest that the high conservation of fis gene duplication results from the need for fine-tuned control of Legionella virulence in response to its different environmental and human hosts, rather than from functional redundancy to circumvent deleterious fis mutations.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,230
Écart entre enseignants0,220 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)Même sujetLegionella and Acanthamoeba researchTravaux en français237 207