Genomic analysis defines distinct pancreatic and neuronal subtypes of lung carcinoid
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Lung carcinoids (L‐CDs) are rare, poorly characterised neuroendocrine tumours (NETs). L‐CDs are more common in women and are not the consequence of cigarette smoking. They are classified histologically as typical carcinoids (TCs) or atypical carcinoids (ACs). ACs confer a worse survival. Histological classification is imperfect, and there is increasing interest in molecular markers. We therefore investigated global transcriptomic and epigenomic profiles of 15 L‐CDs resected with curative intent at Royal Brompton Hospital. We identified underlying mutations and structural abnormalities through whole‐exome sequencing (WES) and single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping. Transcriptomic clustering algorithms identified two distinct L‐CD subtypes. These showed similarities either to pancreatic or neuroendocrine tumours at other sites and so were named respectively L‐CD‐PanC and L‐CD‐NeU. L‐CD‐PanC tumours featured upregulation of pancreatic and metabolic pathway genes matched by promoter hypomethylation of genes for beta cells and insulin secretion ( p < 1 × 10 −6 ). These tumours were centrally located and showed mutational signatures of activation‐induced deaminase/apolipoprotein B editing complex activity, together with genome‐wide DNA methylation loss enriched in repetitive elements ( p = 2.2 × 10 −16 ). By contrast, the L‐CD‐NeU group exhibited upregulation of neuronal markers (adjusted p < 0.01) and was characterised by focal spindle cell morphology ( p = 0.04), peripheral location ( p = 0.01), high mutational load ( p = 2.17 × 10 −4 ), recurrent copy number alterations, and enrichment for ACs. Mutations affected chromatin remodelling and SWI/SNF complex pathways. L‐CD‐NeU tumours carried a mutational signature attributable to aflatoxin and aristolochic acid ( p = 0.05), suggesting a possible environmental exposure in their pathogenesis. Immunologically, myeloid and T‐cell markers were enriched in L‐CD‐PanC and B‐cell markers in L‐CD‐NeU tumours. The substantial epigenetic and non‐coding differences between L‐CD‐PanC and L‐CD‐NeU open new possibilities for biomarker selection and targeted treatment of L‐CD. © 2024 The Author(s). The Journal of Pathology published by John Wiley & Sons Ltd on behalf of The Pathological Society of Great Britain and Ireland.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».