Development of a clinical risk score for the prediction of Pneumocystis jirovecii pneumonia in hospitalised patients
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The performance and availability of invasive and non-invasive investigations for the diagnosis of Pneumocystis jirovecii pneumonia (PCP) vary across clinical settings. Estimating the pre-test probability of PCP is essential to the optimal selection and interpretation of diagnostic tests, such as the 1,3-β-D-glucan assay (BDG), for the prioritization of bronchoscopy, and to guide empiric treatment decisions. We aimed to develop a multivariable risk score to estimate the pre-test probability of PCP. METHODS: The score was developed from a cohort of 626 individuals who underwent bronchoscopy for the purposes of identifying PCP in a Canadian tertiary-care centre, between 2015 and 2018. We conducted a nested case-control study of 57 cases and 228 unmatched controls. Demographic, clinical, laboratory, and radiological data were included in a multivariable logistic regression model to estimate adjusted odds ratios for PCP diagnosis. A clinical risk score was derived from the multivariable model and discrimination was assessed by estimating the score's receiver operating characteristic curve. RESULTS: Participants had a median age of 60 years (interquartile range [IQR] 49-68) and 115 (40%) were female; 40 (14%) had HIV and 49 (17%) had a solid organ transplant (SOT). The risk score included prior SOT or HIV with CD4 ≤ 200/µL (+ 2), serum lactate dehydrogenase ≥ 265.5 IU/mL (+ 2), radiological pattern typical of PCP on chest x-ray (+ 2) or CT scan (+ 2.5), and PCP prophylaxis with trimethoprim-sulfamethoxazole (-3) or other antimicrobials (-2). The median score was 4 points (IQR, 2-4.5) corresponding to a 28% probability of PCP. The risk prediction model had good discrimination with a c-statistic of 0.79 (0.71-0.84). Given the operating characteristics of the BDG assay, scores ≤ 3 in patients without HIV, and ≤ 5.5 in those with HIV, paired with a negative BDG, would be expected to rule out PCP with 95% certainty. CONCLUSION: We propose the PCP Score to estimate pre-test probability of PCP. Once validated, it should help clinicians determine which patients to refer for invasive investigations, when to rely on serological testing, and in whom to consider pre-emptive treatment.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».