Metagenomic analysis of bacterial diversity in pigeon pea after soaking in water
Notice bibliographique
Résumé
This study investigated the diversity of bacterial community in the samples of pigeon pea (Cajanus cajan L. Millsp.) soaked in water for 12 h and 24 h. The detection of certain bacterial species in the samples that can be isolated and potentially be used as starter cultures in the development of pigeon pea‐based functional foods is the importance of this study. For bacterial identification, the V1–V9 regions on the 16S ribosomal RNA gene were amplified using 27F and 1492R primers under specific polymerase chain reaction conditions. Genomic DNA (130 ng) was sequenced on the R9.4 flow cell by Oxford Nanopore Technologies using a GridION sequencer. Library preparations were conducted using a Native Barcoding Kit 24 V14 (SQK‐NBD114.24). Primary data were acquired using MinKNOW version 22.05.7. A total of 13 bacterial families and 89 genera were identified in the pigeon pea sample soaked for 12 h, and 26 families and 90 genera were identified in the pigeon pea soaked for 24 h. The values of five diversity indices showed that the sample soaked in water for 24 h had richer bacterial abundance and diversity than for 12 h. Shannon and Simpson values revealed the higher bacterial diversity in the samples collected at 24 h than in those collected at 12 h. Species observation and abundance‐based coverage estimators (ACE) values demonstrated that the samples collected at 24 h harbored higher bac‐ terial richness than those collected at 12 h. Bacterial communities during soaking of the pigeon pea were dominated by the family Enterobacteriaceae and genus Enterobacter. The presence of bacterial genera like Lacticaseibacillus, Lentilactobacillus, and Secundilactobacillus is interesting because of their importance as starter cultures for fermented plant‐based milk products
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».