Validation of a 60K SNP chip for caribou (Rangifer tarandus) for use in wildlife forensics, conservation, and management
Notice bibliographique
Résumé
Large-scale genotyping platforms are currently being developed for several wild species. By querying thousands of polymorphic loci, genomics can be a useful ecological tool for describing and monitoring populations. Genomics is becoming increasingly useful as a forensic tool because of its ability to identify population of origin for purposes of enforcing anti-poaching laws. Our aim was to test the new SNP chip for caribou/reindeer ( Rangifer tarandus ) (Illumina iSelect caribou 60 K) under recommended and non-optimal sample conditions. Impact on signal detection (call rate) and error rate were assessed using reference samples. The SNP chip was shown to be robust, highly sensitive, reliable, and accurate at more than 10-fold below the recommended DNA input. Biological source of DNA had minor impact, even with fecal pellets given sufficient amount of host DNA. Hybridization of non- Rangifer samples as well as samples bearing DNA from two Rangifer samples both showed a drop in call rate and shifted levels of heterozygosity. Based on a population-targeted subset of SNPs included in the chip design, reassignment of 981 samples to a functional group (here to a caribou ecotype) was highly accurate (99.59 %) and the relative probability of reassignment error was estimated using the logarithm of odds score. Overall, the SNP chip is suitable for analysis of caribou/reindeer genomes even with suboptimal sampling and hence useful for population management and forensics. • The 60 K SNP chip for caribou ( Rangifer tarandus ) is highly robust and specific. • The method is insensitive to DNA degradation/fragmentation and reliable a 10-fold less input DNA than recommended. • The method is highly reliable with DNA from a range of tissue/sample sources. • The method provides excellent assignment power to the ecotypes found in the province of Quebec (Canada). • The method also demonstrates very efficient assignment at the population level.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».