Peptide retention time prediction for electrostatic repulsion-hydrophilic interaction chromatography
Notice bibliographique
Résumé
Electrostatic Repulsion-Hydrophilic Interaction Chromatography (ERLIC) is one of the legacy separation tools developed by Dr. Andrew Alpert and has been used for developing unique separation methods of hydrophilic compounds, including peptides. In the past it has been studied using designed peptide libraries to elucidate major features of its separation mechanism, while comprehensive peptide retention modeling for ERLIC is still lacking. In this work we employed a proteomics-derived ∼170,000 peptide retention datasets to evaluate major ERLIC retention features using the framework of our Sequence-Specific Retention Calculator model. The separation conditions were adjusted to obtain a wider proteome coverage, particularly for non-modified peptides, resulting in a superior separation orthogonality for a 2D LC combination with reversed-phase C18 LC-MS in the second dimension. The SSRCalc ERLIC model presents a consistent theme with the existing ERLIC retention mechanism, reflecting a dependence on peptide orientation and the position of charged and hydrophilic residues across the peptide backbone. R 2 values of 0.935 and 0.955 accuracy were demonstrated for the standard interpretable SSRCalc model and machine learning algorithm, respectively. The effects of various PTMs on peptide retention were evaluated in this study, covering spontaneous (oxidation, deamidation) and enzymatic (N-terminal acetylation, phosphorylation, glycosylation) modifications.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».