A Description of the THRIVE (The Study of Host-Bacterial Relationships and Immune Function in Different Vaginal Environments) Bacterial Vaginosis Observational Study
Notice bibliographique
Résumé
Objectives Bacterial vaginosis (BV) contributes to poor reproductive health and is characterized by a displacement of Lactobacillus in the vaginal microbiome. However, treatment for BV is limited to antibiotics and half of the women treated experience recurrence within a year. THRIVE (The Study of Host-Bacterial Relationships and Immune Function in Different Vaginal Environments) is a prospective study in Winnipeg, Manitoba, Canada, which is designed to capture the daily variation of the microbiome and host mucosal immunity during treatment. The objective of this study is to identify host and bacterial factors that associate with vaginal microbiome stability to better inform therapeutic interventions. Methods Women treated for BV, and controls, are followed for 6 months collecting daily vaginal swabs and monthly questionnaires. Comprehensive mucosal sampling, including swabs, cytobrushes, biopsies, and blood are collected at baseline, months 1 and 6 post-enrolment. Results We performed analysis on the first 52 participants, (19 BV+, 33 BV–). Molecular profiling by 16s RNA sequencing showed 20 women with non- Lactobacillus- dominant microbiomes and 32 with Lactobacillus- dominant microbiomes, with increased microbial diversity in non- Lactobacillus- dominant microbiomes ( P = 3.1E-05). A pilot analysis in 2 participants demonstrates that multi-omics profiling of self-collected daily swabs provides high-quality data identifying 73 bacterial species, 1773 mucosal proteins and 117 metabolites. Initial flow cytometry analysis showed an increased cluster of differentiation (CD)4+ T cells and neutrophil activation (CD11b+CD62L neg/dim ) in the positive participant at baseline, while after treatment these shifted and resembled the control participant. Conclusions This study provides a framework to comprehensively investigate the kinetics of vaginal mucosal microbiome alterations, providing further insight into host and molecular features predicting BV recurrence.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».