The broom of the system: a harmonized contextual data specification for One Health AMR pathogen genomic surveillance
Notice bibliographique
Résumé
One Health genomics initiatives often involve data streams originating from different sources, institutions, sectors, and information management systems. These are often heterogeneous datasets structured in a variety of ways, posing challenges for data harmonization, integration and meaningful interpretation. The Genomics Research and Development Initiative Shared Priority Projects for AMR (GRDI-AMR) uses a genomics-based approach to understand the prevalence and diversity of antimicrobial resistance determinants associated with food production and different environments that can impact human health, as well as how AMR can evolve, spread, and be mitigated. This work is being carried out by six different federal government departments and agencies, academic institutions, as well as agricultural and environmental networks. To facilitate harmonization of data, a modular, interoperable contextual data (metadata) specification was developed, called the GRDI-AMR One Health specification package. The package consists of an ontology-based data standard, built using semantic best practices and existing standards, and is operationalized in a data curation tool called the DataHarmonizer. This tool automates the transformation of contextual data into NCBI’s One Health Enterics BioSample format to support public data sharing. The package also includes different kinds of support materials such as field and term reference guides and a detailed curation protocol highlighting ethical, practical and privacy considerations. Tooling and vocabulary were iteratively improved through multiple rounds of real-world testing. The data standard is continually maintained and version controlled, and has been used to resolve a variety of data harmonization issues experienced throughout numerous collaborative surveillance projects. The standard also encourages the inclusion of prevalence metrics in order to make whole genome sequencing data more useful for risk assessment, and enables communication about data needs between data generators and users. While developed for Canadian surveillance, the GRDI-AMR specification has also been implemented in international harmonization efforts, demonstrating its utility for many types of One Health genomics projects. The specification package is available at (https://github.com/cidgoh/GRDI_AMR_One_Health).
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,027 | 0,033 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,009 | 0,007 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,007 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,006 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».