In vivo thrombin activity in the diatom Phaeodactylum tricornutum: biotechnological insights
Notice bibliographique
Résumé
Diatoms are responsible for 20% of global carbon dioxide fixation and have significant potential in various biotechnological and industrial applications. Recently, the pennate diatom Phaeodactylum tricornutum has emerged as a prominent platform organism for metabolic engineering and synthetic biology. The availability of its genome sequence has facilitated the development of new bioengineering tools. In this study, we used in silico analyses to identify sequences potentially encoding thrombin-like proteins, which are involved in recognizing and cleaving the thrombin sequence LVPRGS in P. tricornutum. Protein structure prediction and docking studies indicated a similar active site and ligand positioning compared to characterized human and bovine thrombin. The evidence and efficiency of the cleavage were determined in vivo using two fusion-protein constructs that included YFP to measure expression, protein accumulation, and cleavage. Western blot analysis revealed 50-100% cleavage between YFP and N-terminal fusion proteins. Our findings suggest the existence of a novel thrombin-like protease in P. tricornutum. This study advances the application of diatoms for the synthesis and production of complex proteins and enhances our understanding of the functional role of these putative thrombin sequences in diatom physiology. KEY POINTS: • Protein structure predictions reveal thrombin-like active sites in P. tricornutum. • Validated cleavage efficiency of thrombin-like protease on fusion proteins in vivo. • Study advances bioengineering tools for diatom-based biotechnological applications.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».