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Enregistrement W4403257469 · doi:10.1186/s12870-024-05621-4

Identification of key gene networks controlling organic acid and sugar metabolism during star fruit (Averrhoa carambola) development

2024· article· en· W4403257469 sur OpenAlexaff
Xinyu Xu, Lianhuan Xu, Zirui Yang, Lei Chen, Yiqing Wang, Hui Ren, Zehuang Zhang, Yousry A. El‐Kassaby, Shasha Wu

Notice bibliographique

RevueBMC Plant Biology · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePostharvest Quality and Shelf Life Management
Établissements canadiensCanadian Forest ServiceUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesFujian Agriculture and Forestry University
Mots-clésAverrhoa carambolaBiologySugarIdentification (biology)Key (lock)GeneMetabolismBotanyCarbohydrate metabolismGeneticsBiochemistryEcology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The sugar and organic acid content significantly impacts the flavor quality of star fruit, and it undergoes dynamic changes during development. However, the metabolic network and molecular mechanisms governing the formation of sugar and organic acid in star fruit remain unclear. In this study, 23 of 743 components were detected by metabonomic analysis. The highest metabolites contents were organic acids and derivatives. The highest sugar content in the fruit was fructose and glucose, followed by sucrose, which proved that A. carambola is a hexose accumulation type fruit. Genome identification preliminarily screened 141 genes related to glucose metabolism and 67 genes related to acid metabolism. A total of 7,881 unigenes were found in transcriptome data, 6,124 differentially expressed genes were screened, with more up-regulated than down-regulated genes. Transcriptome and metabolome association analysis screened seven core candidate genes related to glucose metabolism and 17 core genes highly related to organic acid pathway, and eight differentially expressed sugar and acid genes were selected for qRT-PCR verification. In addition, 29 bHLHs and eight bZIPs transcription factors were predicted in the glucose metabolism pathway, and 23 MYBs, nine C2H2s transcription factors and one GRAS transcription factor was predicted in the acid metabolism pathway, and transcription factors have both positive and negative regulatory effects on sugar and acid structure genes. This study increased our understanding of A. carambola fruit flavor and provided basic information for further exploring the ornamental and edible values of star fruit.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,631
Score d'incertitude au seuil0,235

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,221
Écart entre enseignants0,196 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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