Effect of the Complex Allele p.[Ile148Thr;Ile1023_Val1024del] 2 in Cystic Fibrosis and Tracing of a Founder Effect in Mexican 3 Families
Notice bibliographique
Résumé
Cystic fibrosis (CF) diagnosis can be a challenge due to the large spectrum of pathogenic variants in the CFTR gene and the effects of complex alleles. Next-generation sequencing has improved our understanding of the contribution of these complex alleles to the wide spectrum of CF clinical symptoms and to the response to medications. Herein, we studied nine CF patients from six unrelated families carrying the complex allele p.[Ile148Thr;Ile1023_Val1024del] with a frequency of 0.18%. All the patients were from Central Mexico. This complex allele was found in trans with Class I and II pathogenic variants (PVs) such as [c.1521_1523del, p.(Phe508del), and c.3231_3232del, p.(Phe1078Profs*77)]. A targeted search of a dataset of 2,217 exomes from healthy individuals revealed that eight individuals (0.18%) carried the p.(Ile148Thr) variant, but only one (0.022%), who was also born in Central Mexico, was a carrier of the complex allele. These findings led us to hypothesize a founder effect for the p.[Ile148Thr;Ile1023_Val1024del] complex allele in Mexican patients with CF, probably through migration from the French-Canadian population in Mexico. Finally, protein modeling revealed that this complex allele disrupts the secondary structure of the CFTR protein and might alter the ion flow.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».