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Enregistrement W4403350941 · doi:10.1101/2024.10.08.616934

PRC2 facilitates the transition from heterotrophy to photoautotrophy during seedling emergence

2024· preprint· en· W4403350941 sur OpenAlexaff
Naseem Samo, María Guadalupe Trejo-Arellano, Lenka Gahurová, Alexander Erban, Alina Ebert, Quentin Rivière, Jiří Kubásek, Fatemeh Aflaki, Helena Hönig Mondeková, Armin Schlereth, Annick Dubois, Mingxi Zhou, Ondřej Novák, Jiří Šantrůček, Daniel Bouyer, François Roudier, Joachim Kopka, Iva Mozgová

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueLight effects on plants
Établissements canadiensCentre Casa
Organismes subventionnairesMax-Planck-GesellschaftAgence Nationale de la RechercheJihočeská Univerzita v Českých Budějovicích
Mots-clésSeedlingHeterotrophTransition (genetics)ChemistryGeologyBiologyBotanyPaleontologyBiochemistryBacteria

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Seed-to-seedling transition represents a key developmental and metabolic switch in plants. Catabolism of seed storage reserves fuels germination and early seedling emergence until photosynthesis is established. The developmental transition is controlled by Polycomb repressive complex 2 (PRC2). However, the coordination of PRC2 activity and its contribution to transcriptional reprogramming during seedling establishment is unknown. By analysing the re-distribution of H3K27me3 and changes in gene transcription in shoot and root tissues of heterotrophic and photoautotrophic seedlings, we reveal two phases of PRC2-mediated gene repression. The first phase is independent of light and photosynthesis and results in irreversible repression of the embryo maturation programme, marked by heterotrophy and biosynthesis of reserve storage molecules. The second phase is associated with the repression of metabolic pathways related to germination and early seedling emergence, and H3K27me3 deposition in this phase is sensitive to photosynthesis inhibition. We show that preventing transcription of the PRC2-repressed glyoxylate cycle gene ISOCITRATE LYASE is sufficient to drive the vegetative phase transition in PRC2-depleted plants. This underscores a key role of PRC2 repression in the coordinated metabolic and developmental switches during seedling emergence and emphasizes the close connection between metabolic and developmental identities.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,139
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,192
Écart entre enseignants0,181 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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