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Enregistrement W4403352600 · doi:10.1101/2024.10.09.617439

Cryo-EM of native membranes reveals an intimate connection between the Krebs cycle and respiration in mycobacteria

2024· preprint· en· W4403352600 sur OpenAlexaff
Justin M. Di Trani, Jiacheng Yu, Gautier M. Courbon, Ana Rodrı́guez, Chen‐Yi Cheung, Yingke Liang, Claire E. Coupland, Stephanie A. Bueler, Gregory M. Cook, Peter Brzezinski, John L. Rubinstein

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA and protein synthesis mechanisms
Établissements canadiensUniversity of TorontoHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésElectron transport chainMycobacterium smegmatisCitric acid cycleOxidative phosphorylationOxidoreductaseVesicleBiochemistryMembraneBiophysicsChemistryBiologyEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Imaging of endogenous protein complexes in their native membranes can reveal protein-protein interactions that are lost upon detergent solubilization. To investigate interactions in the mycobacterial oxidative phosphorylation machinery, we prepared inverted membrane vesicles from Mycobacterium smegmatis and enriched for vesicles containing complexes of interest by affinity chromatography. Electron cryomicroscopy (cryo-EM) of these vesicles revealed that malate-quinone oxidoreductase (Mqo), an enzyme from the Krebs cycle, physically associates with the electron transport chain Complex III 2 IV 2 (CIII 2 CIV 2 ) supercomplex. Analysis of the Mqo:CIII 2 CIV 2 interaction shows that CIII 2 CIV 2 is necessary for malate-driven, but not NADH- driven, electron transport chain activity and oxygen consumption. Further, the association of Mqo with CIII 2 CIV 2 enables electron transfer from malate to CIII 2 CIV 2 with millisecond kinetics. Together, these findings indicate a connection between the Krebs cycle and respiration that directs electrons along a single branch of the mycobacterial electron transport chain.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,241
Écart entre enseignants0,228 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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