Distinct chikungunya virus polymerase palm subdomains contribute to viral protein accumulation and virion production
Notice bibliographique
Résumé
Alphaviruses encode an error-prone RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), nsP4, required for genome synthesis, yet how the RdRp functions in the complete alphavirus life cycle is not well-defined. Previous work using chikungunya virus has established the importance of the nsP4 residue cysteine 483 in replication. Given the location of residue C483 in the nsP4 palm domain, we hypothesized that other residues within this domain and surrounding subdomains would also contribute to polymerase function. To test this hypothesis, we designed a panel of nsP4 variants via homology modeling based on the coxsackievirus B3 3D polymerase. We rescued each variant in mammalian and mosquito cells and discovered that the palm domain and ring finger subdomain contribute to host-specific replication. In C6/36 cells, we found that while the nsP4 variants had replicase function similar to that of wild-type CHIKV, many variants presented changes in protein accumulation and virion production even when viral nonstructural and structural proteins were produced. Finally, we found that WT CHIKV and nsP4 variant replication and protein production could be enhanced in mammalian cells at 28°C, yet growing virus under these conditions led to changes in virus infectivity. Taken together, these studies highlight that distinct nsP4 subdomains are required for proper RNA transcription and translation, having major effects on virion production.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».