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Enregistrement W4403422820 · doi:10.1101/2024.10.11.617896

Balanced polymorphisms in gamete-binding genes are not associated with human infertility

2024· preprint· en· W4403422820 sur OpenAlexaff
Michael W. Hart, Bernard J. Crespi, Ken Seethram

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueReproductive Biology and Fertility
Établissements canadiensPacific Centre for Reproductive MedicineSimon Fraser University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGameteInfertilityGeneGeneticsBiologySpermPregnancy

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Genes expressed in gametes that mediate sperm interaction with the mammalian egg are of considerable interest to evolutionary biologists because the evolution of such genes can account for variation in reproductive compatibility between mates and reproductive isolation between species. The human orthologs of such genes are also potential targets for both contraception and treatment of infertility. One gene system of particular interest is the sperm-binding genes of the inner egg coat or zona pellucida ( Zp2, Zp3 ) and their cognate protein in the mouse sperm acrosome ( Zp3r ). Previous population genetic analyses in humans pointed toward three balanced polymorphisms (one in each gene ZP2, ZP3 , and ZP3R ) as potential targets of some form of balancing selection in the evolution of human fertility. We tested that association using genetic analysis of couples seeking fertility assistance, but we could not reject the null hypothesis of no association between balanced polymorphisms and infertility. Our study was based on a small sample of couples, but the data were sound: the allele frequencies at those three balanced polymorphisms were not different from random expectation in that clinical sample. If an effect of those allele frequencies on infertility exists it is probably small. Our study was based in part on an old error in gene annotation that was only recently discovered (after the start of participant recruitment for this genetic analysis), and this error may account for our results, which argue against a role for balancing selection on those three genes in humans.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,016

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,027
Tête enseignante GPT0,257
Écart entre enseignants0,230 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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