Herd-level occurrence and risk factors associated with respiratory and enteric pathogens from dairy calves in Ontario: A cross-sectional study
Notice bibliographique
Résumé
This cross-sectional herd-level study aimed to determine the occurrence of and risk factors for pathogens associated with neonatal calf diarrhea (NCD) and bovine respiratory disease (BRD) on Ontario dairy farms. From April to August 2022, a convenience sample of 100 dairy farms was visited once. A questionnaire covering farm biosecurity, calving and colostrum management, preweaning nutrition, and housing was administered on-farm. At each farm visit, approximately 5 calves between 2 and 35 d old were randomly selected for fecal sampling. Furthermore, approximately 5 calves between 21 to 122 d old were randomly selected for nasopharyngeal sampling. In total, 363 fecal samples (from 83 dairy farms) and 390 nasopharyngeal swab samples (from 80 dairy farms) were collected. Fecal samples were analyzed individually using a multiplex PCR to identify bacterial and parasitic enteric pathogens. Nasopharyngeal swabs were analyzed as one pooled sample per farm using bacterial culture and real-time PCR. The most common enteric pathogens detected at herd-level were Cryptosporidium parvum (67.4%) and Escherichia coli K99+ (13.2%). The most common respiratory pathogens detected at herd-level were Pasteurella multocida (62.5%), bovine coronavirus (42.5%), and Mycoplasma bovis (21.2%). Multivariable logistic models were built to explore associations between the most common pathogens and herd-level predictors selected from the questionnaire. Herd positivity for C. parvum was positively associated with having more than 61 preweaning calves per year and feeding mainly whole milk to calves. The presence of M. bovis was positively associated with herds that combined manual and automatic milk-feeding systems, and the presence of bovine coronavirus was positively associated with having more than 98 preweaning calves during the year. Univariable Poisson regression models were built to explore the association between the most common pathogens and preweaning calf mortality. Herds that were positive for C. parvum, M. bovis, or bovine coronavirus had a greater risk of preweaning calf mortality. These results provide insights for future research on pathogens associated with NCD and BRD and offer guidance for veterinarians and dairy farmers in implementing disease control measures in dairy calf herds.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».