A dataset of transcriptomic effects of camptothecin treatment on early zebrafish embryos
Notice bibliographique
Résumé
deletion mutant zebrafish embryos at 24 h post-fertilization with 1 µM of the topoisomerase I inhibitor, camptothecin (CPT), for 4 h to catalogue gene expression changes induced by this DNA damage treatment and to understand if these changes are influenced by loss of miR-34a. The 4 sample groups of 3 independent biological samples consisting of 30 embryos each were analyzed by RNA-sequencing using the recently updated zebrafish transcriptome annotation based on GRCz11, which enabled a more complete and sensitive read mapping and gene assignment than standard annotations. Using this gene expression estimates dataset as the primary resource, we performed a differentially expressed gene (DEG) analysis based on treatment as loss of miR-34a had minimal effects on CPT-induced expression changes. The DEGs were analyzed for Gene Ontology and KEGG pathway terms. Enriched terms and pathways among up-regulated genes were mostly related to stress, cell death, cell cycle regulation, transcriptional regulation, cell signalling, developmental processes and synthesis of retinol and steroid hormones. By contrast, down-regulated genes were most strongly associated with genes involved in key developmental processes, adhesion molecules, as well as some transport and metabolic pathways, together suggesting a "developmental shutdown". We also identified interferon-regulated genes and p53 target genes activated or inhibited by DNA damage due to topoisomerase I inhibition, suggesting that they are important components of the response to this type of DNA damage in zebrafish embryos.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».