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Enregistrement W4403445782 · doi:10.1107/s2052520624007492

The seventh blind test of crystal structure prediction: structure generation methods

2024· article· en· W4403445782 sur OpenAlex
Lily M. Hunnisett, Jonas Nyman, Nicholas Francia, Nathan S. Abraham, Claire S. Adjiman, Srinivasulu Aitipamula, Tamador Alkhidir, Mubarak Almehairbi, Andrea Anelli, Dylan M. Anstine, John E. Anthony, Joseph E. Arnold, Faezeh Bahrami, Michael A. Bellucci, Rajni M. Bhardwaj, Imanuel Bier, J.A. Bis, A. Daniel Boese, David Bowskill, James Bramley, Jan Gerit Brandenburg, Doris E. Braun, Patrick W. V. Butler, Joseph Cadden, Stephen A. R. Carino, Eric J. Chan, Chao Chang, Bingqing Cheng, Sarah Melanie Clarke, Simon J. Coles, Richard I. Cooper, Ricky Wayne Couch, Raúl Cuadrado‐Matías, Tom Darden, Graeme M. Day, H. Dietrich, Yiming Ding, Antonio G. DiPasquale, Bhausaheb Dhokale, Bouke P. van Eijck, M.R.J. Elsegood, Dzmitry S. Firaha, Wenbo Fu, Kaori Fukuzawa, Joseph Glover, Midori Goto, Chandler Greenwell, J. A. Harter, Julian Helfferich, Detlef W. M. Hofmann, Johannes Hoja, John Hone, Richard S. Hong, Geoffrey Hutchison, Yasuhiro Ikabata, Olexandr Isayev, Ommair Ishaque, Yingdi Jin, Aling Jing, Erin R. Johnson, Ian M. Jones, K. V. Jovan Jose, Elena A. Kabova, Adam C. Keates, Paul F. Kelly, Dmitry V. Khakimov, Stefanos Konstantinopoulos, L. N. Kuleshova, He Li, Xiaolu Lin, Alexander List, Congcong Liu, Yifei Michelle Liu, Zenghui Liu, Zhi‐Pan Liu, Joseph W. Lubach, Noa Marom, Alexander A. Maryewski, Hiroyuki Matsui, Alessandra Mattei, R. Alex Mayo, John W. Melkumov, Sharmarke Mohamed, Zahrasadat Momenzadeh Abardeh, Hari S. Muddana, Naofumi Nakayama, Kamal Singh Nayal, Marcus A. Neumann, Rahul Nikhar, Shigeaki Obata, Dana O’Connor, Artem R. Oganov, Koji Okuwaki, Alberto Otero‐de‐la‐Roza, Constantinos C. Pantelides, Chris J. Pickard, Luca Pilia, T. S. Pivina, Rafał Podeszwa, Alastair J. A. Price, Louise S. Price, Sarah L. Price, Michael R. Probert, Angeles Pulido, Gunjan Rajendra Ramteke, Attiq-Ur Rehman, Susan M. Reutzel‐Edens, Jutta Rogal, Marta J. Ross, Adrian F. Rumson, G. Sadiq, Zeinab M. Saeed, Alireza Salimi, Matteo Salvalaglio, LETICIA SANDERS DE ALMADA, Kiran Sasikumar, Sivakumar Sekharan, Cheng Shang, Kenneth Shankland, Kotaro Shinohara, Baimei Shi, Xuekun Shi, A. Geoffrey Skillman, Hongxing Song, Nina Strasser, Jacco van de Streek, Isaac J. Sugden, Guangxu Sun, Krzysztof Szalewicz, Benjamin I. Tan, Lu Tan, Frank Tarczynski, Christopher R. Taylor, Alexandre Tkatchenko, Rithwik Tom, Mark E. Tuckerman, Yohei Utsumi, Leslie Vogt-Maranto, Jake Weatherston, Lawrence H. Wilkinson, Robert D. Willacy, Łukasz Wojtas, Grahame R. Woollam, Zhuocen Yang, Etsuo Yonemochi, Xin Yue, Qun Zeng, Y. Zhang, Tian Zhou, Yunfei Zhou, R.I. Zubatyuk, Jason C. Cole

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueActa Crystallographica Section B Structural Science Crystal Engineering and Materials · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueCrystallography and molecular interactions
Établissements canadiensDalhousie University
Organismes subventionnairesArmy Research LaboratoryArmy Research OfficeDivision of ChemistryDivision of Materials ResearchAgencia Estatal de InvestigaciónEngineering and Physical Sciences Research CouncilNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaScience and Technology Facilities CouncilHorizon 2020 Framework ProgrammeRussian Science FoundationEuropean CommissionMinisterio de Ciencia e InnovaciónGenentechFundación para el Fomento en Asturias de la Investigación Científica Aplicada y la TecnologíaNational Natural Science Foundation of ChinaUniversity of SouthamptonUniversity College LondonUK Research and InnovationNational Science FoundationImperial College LondonSyngenta InternationalXtalPiUniversität InnsbruckKhalifa University of Science, Technology and ResearchDell EMCKarl-Franzens-Universität GrazDeutsche ForschungsgemeinschaftEli Lilly and CompanyAlliance de recherche numérique du CanadaAir Force Office of Scientific ResearchNational Key Research and Development Program of ChinaUniversity of Reading
Mots-clésCrystal structure predictionCocrystalCrystal structureCrystallographyPowder diffractionMoleculeCrystal (programming language)Materials scienceRietveld refinementChemistryComputer scienceHydrogen bondOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A seventh blind test of crystal structure prediction was organized by the Cambridge Crystallographic Data Centre featuring seven target systems of varying complexity: a silicon and iodine-containing molecule, a copper coordination complex, a near-rigid molecule, a cocrystal, a polymorphic small agrochemical, a highly flexible polymorphic drug candidate, and a polymorphic morpholine salt. In this first of two parts focusing on structure generation methods, many crystal structure prediction (CSP) methods performed well for the small but flexible agrochemical compound, successfully reproducing the experimentally observed crystal structures, while few groups were successful for the systems of higher complexity. A powder X-ray diffraction (PXRD) assisted exercise demonstrated the use of CSP in successfully determining a crystal structure from a low-quality PXRD pattern. The use of CSP in the prediction of likely cocrystal stoichiometry was also explored, demonstrating multiple possible approaches. Crystallographic disorder emerged as an important theme throughout the test as both a challenge for analysis and a major achievement where two groups blindly predicted the existence of disorder for the first time. Additionally, large-scale comparisons of the sets of predicted crystal structures also showed that some methods yield sets that largely contain the same crystal structures.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,087
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,261
Écart entre enseignants0,253 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle