Chem(Pro)2: the atlas of <i>chemoproteomic</i> probes labelling human proteins
Notice bibliographique
Résumé
Chemoproteomic probes (CPPs) have been widely considered as powerful molecular biological tools that enable the highly efficient discovery of both binding proteins and modes of action for the studied compounds. They have been successfully used to validate targets and identify binders. The design of CPP has been considered extremely challenging, which asks for the generalization using a large number of probe data. However, none of the existing databases gives such valuable data of CPPs. Herein, a database entitled 'Chem(Pro)2' was therefore developed to systematically describe the atlas of diverse types of CPPs labelling human protein in living cell/lysate. With the booming application of chemoproteomic technique and artificial intelligence in current chemical biology study, Chem(Pro)2 was expected to facilitate the AI-based learning of interacting pattern among molecules for discovering innovative targets and new drugs. Till now, Chem(Pro)2 has been open to all users without any login requirement at: https://idrblab.org/chemprosquare/.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,011 | 0,010 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».