Effect of cysteine oxidation in SARS-CoV-2 Spike protein on its conformational changes: insights from atomistic simulations
Notice bibliographique
Résumé
This study investigates the effect of cysteine (Cys) oxidation on the conformational changes of the SARS-CoV-2 Spike (S) protein, a critical factor in viral attachment and entry into host cells. Using targeted molecular dynamics (TMD) simulations, we explore the conformational transitions between the down (inaccessible) and up (accessible) states of the SARS-CoV-2 S protein in both its native and oxidized forms. Our findings reveal that oxidation significantly increases the energy barrier for these transitions, as indicated by the work required to move from the down to the up conformation and vice versa. Specifically, in the oxidized system compared to the native system, the energy required to transition from the down to the up conformation increases by approximately 131 ± 1 kJ.mol -1 , while the energy required for the reverse transition increases by about 223 ± 6 kJ.mol -1 . This is due to the stabilizing effect of oxidation on the conformation of the SARS-CoV-2 S protein. Analysis of hydrogen bond and salt bridge formation before and after oxidation provides additional insights into the stabilization mechanisms, showing an increase in salt bridge formation that contributes to conformational stabilization. These results underscore the potential of targeting translational modifications to hamper viral entry or enhance susceptibility to neutralization, offering a novel perspective for antiviral strategy development against SARS-CoV-2. This study adds important knowledge to the field of viral protein dynamics and highlights the critical role of structural and computational biology in uncovering new therapeutic avenues.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».