American lobster (<i>Homarus americanus</i>) hepatopancreas transcriptome reveals the significance of chitin-related genes during impoundment shell disease
Notice bibliographique
Résumé
American lobsters ( Homarus americanus) stored in open tidal pounds can develop impoundment shell disease (ISD), resulting in decreased marketability of the lobsters on the live market. Little is known about ISD or the immunological responses of lobsters exhibiting this disease. The objective of this project was to identify genes from H. americanus hepatopancreas that are differentially expressed in response to ISD. Lobsters were separated into asymptomatic, moderately symptomatic, and severely symptomatic groups, which represent animals with 0%, 5%–20%, and >20% lesion coverage of the carapace, respectively. RNA-seq analysis found that 134 genes were differentially expressed between groups (false discovery rate (FDR) < 0.05). Most, 80, of these genes were found exclusively in the comparison between moderately symptomatic and asymptomatic groups. All animals clustered in their proposed groups based on the expression of the differently expressed genes (DEGs), and the asymptomatic group clustered as an out-group. The expression of most DEGs was higher in the asymptomatic group than the others, which could be related to a stronger response against the disease or differences in individual resistance against ISD development. Among these genes, we highlight eight chitin-related genes, one α-2-macroglobulin-like gene, one acute phase serum amyloid A gene, one pseudohaemocyanin gene, and one trypsin-1-like gene.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».