Exome Sequencing "Firsthand" for Polycystic Kidney Diseases: Impact beyond PKD1/PKD2 Identification on ADPKD Clinical Management
Notice bibliographique
Résumé
Background: Genetic testing is currently considered non-mandatory for managing typical autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD) patients. However, an increasing number of genes are associated with ADPKD. For atypical forms of ADPKD, the diagnostic yield may be lower with targeted genetic analysis. Genome-wide analysis can highlight incidental findings that could impact clinical management. Recent studies suggest that exome sequencing (ES) could be as efficient as standard methods, even for PKD1/PKD2 analysis. Methods: Among 3523 index cases undergoing ES genetic testing at Sorbonne University, Paris, France, 721 patients were categorized as having cystic diseases (149 with typical ADPKD and 572 with atypical ADPKD). We compared the diagnostic yield in both typical and atypical ADPKD. Then, we analyzed the rate of incidental findings impacting ADPKD clinical management (pathogenic variants not anticipated that explain part of the phenotype, or for which the patient is not/pre-symptomatic, or variants of interest in genetic counseling) among patients with a pathogenic variant in PKD1/PKD2 genes and compared this to the entire cystic nephropathy cohort. Results: Of the 721 patients with cystic nephropathy, 239 had a positive genetic test with a pathogenic or likely pathogenic variant (33%). The diagnosis rate was 59.1% for typical ADPKD patients compared to 26.4% in the atypical cystic nephropathy population. In the typical ADPKD group, PKD1 and PKD2 represented only 60.3% of pathogenic variants found by ES. Double hits represented 13.1% of patients with a positive genetic test, reaching 20.6% in the PKD1/PKD2 population. Conclusion: Our results showed a great diversity in genes responsible for adult’s cystic nephropathies, even in the typical ADPKD population. We observed a significant rate of incidental findings impacting clinical ADPKD management. Our work suggests that ES should be considered a first-tier test for any ADPKD patients to optimize their clinical management.Percentage of patients carrying a second variant in a second gene among patients with a positive genetic diagnosis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».