Insights on macrosynteny, ′rebel′ genes, and a new sex-linked region in anurans from comparative genomics and a new chromosome-level genome for the western chorus frog
Notice bibliographique
Résumé
Amphibians have unique genome characteristics including slow karyotypic evolution and cytogenetically undifferentiated sex chromosomes. Yet our understanding of amphibian genomes has not kept pace with that of mammals and birds, partially due to scarce genomic resources and challenges associated with large genome sizes and high repetitiveness. We assembled and annotated a chromosome-level genome for the western chorus frog ( Pseudacris triseriata ), a species of conservation concern and importance in evolutionary research. Comparison of our new genome with other chromosome-level frog genomes reveals exceptionally conserved evolution of 13 chromosomal elements and gene orders across over 200 million years of anuran evolution. We uncovered ′rebel′ Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) genes that have been duplicated in almost all frog species, have been transposed, and showed lineage-specific synteny patterns – possibly relating to key traits such as frog advertisement calls and mitochondrial genome evolution. We also assembled a complete mitochondrial genome and found heteroplasmy of both point polymorphisms and length variation in the tandem repeat arrays in the control region. Double-digest restriction-site associated DNA sequencing analysis indicates that the western chorus frog has an XY sex system and the sex-linked region involved an ~1Mb indel structural variant. Overall, our study provides important genomic resources for treefrogs and other anurans, documents highly conserved chromosomal evolution and gene orders in anurans, identifies ′rebel′ genes that might be important for frog evolution, and reveals a new sex-linked region with indel structural variants in anurans.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».