Epithelial Injury Patterns Induced by Acute T Cell-Mediated Rejection in Kidney Transplants
Notice bibliographique
Résumé
Background: Acute T-cell mediated rejection (TCMR) remains a major challenge after kidney transplantation, posing risks for the long-term outcome of the transplant. Previous research highlighted the importance of TCMR-induced renal epithelial injury for transplant outcome. Yet, the detailed cellular origin of these injury responses and the associated gene expression profiles remain poorly understood. Methods: To induce acute rejection, we used two different mouse models (C57BL/6 and BALB/c) for allogeneic kidney transplantation and syngeneic controls. We analyzed the molecular changes in renal gene expression during TCMR by using single nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) and spatial transcriptomics on the kidneys 7 days post-transplant. Differentially expressed genes between allogeneic and syngeneic kidneys were analyzed and a published gene set predictive of allograft outcomes was investigated per cell type. All results were compared to our snRNA-seq data from three human TCMR kidney biopsies and three stable allografts. Results: Mouse kidneys from allogeneic transplantation showed all histological hallmarks of TCMR. SnRNA-seq revealed a strong gene expression response, especially in C57BL/6 kidneys transplanted into BALB/c mice, most pronounced in kidney epithelial cells, particularly in the proximal tubules (PT) and thick ascending limbs (TAL), inducing distinct injury-associated cell states. Spatial transcriptomics identified a heterogeneous spatial distribution of these cell states between cortex and medulla. Published genes indicative of allograft outcome were mostly expressed in injured PT and TAL but showed heterogeneous differential expression in the different injured PT and TAL cell states. Cross-species analysis revealed a substantial overlap of epithelial cell states between mouse and human TCMR. Conclusion: Our study offers a detailed exploration of cell type-specific gene expression changes during TCMR in humans and mice. The analysis of allograft outcome-associated genes revealed their origin from various injured epithelial cell states. This insight may help identify injured cell states most responsible for reduced graft function, potentially enabling targeted therapeutic interventions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».