Defining the Interaction Network of the CPLANE Complex Reveals Cilia and Actin Regulatory Components
Notice bibliographique
Résumé
Background: Almost all vertebrate cells have a single primary cilium that protrudes to the extracellular space and acts as a signalling nexus. Defects in primary cilia cause a set of diseases termed ciliopathies that affect multiple organs including the kidneys. Mutations in ciliogenesis and planar cell polarity (CPLANE) genes FUZZY, INTURNED and WDPCP lead to human ciliopathies. Although the homologs of CPLANE proteins in Drosophila Melanogaster regulate the planar cell polarity and actin polymerization, their functions in ciliation and the etiology of ciliopathies remain elusive. We hypothesize that CPLANE proteins regulate ciliary and actin-regulating proteins to control primary cilia formation. Methods: Co-immunoprecipitation assay was used to validate the interactions between IQGAP1 and CPLANE proteins. IQGAP1 knockdown was achieved by siRNA transfection in hTERT-RPE-1 cells. Ciliation and YAP localization were assessed by immunofluorescence using anti-ARL13b and anti-YAP antibody, respectively. BioID baits were genrated by gateway cloning and transfected in FlpIn TREX293 cells. Pulldown coupled to mass spectrometry was used to identify CPLANE interactors. Protein identification and analysis of interactions were done in Prohits, and SAINT. Results: Using a preliminary Bio-ID we identified IQGAP-1(an actin-regulating protein) as a novel interactor of Fuzzy. We established that IQGAP1 interacts with all CPLANE proteins and showed that the knockdown of IQGAP1 reduces ciliation and cilia length in htERT-RPE-1 cells. Since IQGAP1 does not localize to the ciliary basal body, we propose an indirect link where IQGAP1 regulates cilia length by modulating YAP1 downstream ciliary transcriptional targets.To better understand the roles of CPLANE in ciliogenesis, we generated CPLANE BioID baits and conducted an interaction study. Coupling BioID with MS and bioinformatics we identify multiple CPLANE interactors that further link actin regulation to primary cilia functions. Conclusion: This study unravels a link between the CPLANE complex and actin regulators. Identifying CPLANE-specific proximity interactors helps discover novel molecular components regulating ciliation, particularly through the regulation of actin dynamics. This bridges the gap between actin regulatory pathways and ciliation and proposes potenitial actin-targeting therapeutics as treatment for ciliopathies. Funding: Government Support – Non-U.S.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».