Late Clinical-Stage Candidate Rilparencel's Effect on Kidney Function and Biological Pathways in a Type 2 Diabetes and CKD Patient Subset
Notice bibliographique
Résumé
Background: Kidney cortical biopsy-derived rilparencel is a 1st-in-class autologous kidney epithelial cell platform being evaluated in late-stage clinical trials for patients with type 2 diabetes (T2D) & chronic kidney disease (CKD). Data from 2 Phase 2 studies suggest that kidney cortical injection of rilparencel may preserve estimated glomerular filtration rate (eGFR). In a proof-of-concept, limited retrospective cohort study we sought to evaluate biological pathways associated with rilparencel’s effect on kidney function. Methods: Banked rilparencel samples from 5 patients with T2D&CKD (NCT02836574) were analyzed with scRNAseq. Kidney cell types were identified with unsupervised clustering & projection on to the KPMP atlas. For each rilparencel cell type, cell-level & pseudo-bulk differentially expressed genes (DEGs) were identified by Wilcoxon Rank Sum test & DESeq2, respectively, based on each patient’s response to rilparencel, i.e. eGFR slope computed across 12 mo post-treatment. Biological pathways were identified with GO. Results: KPMP-anchored molecularly profiled kidney cell types in rilparencel include glomerular parietal epithelial cells (PECs), adaptive proximal tubules (PT), ascending thin limb (ATL) & adaptive thick ascending limb-2 (TAL-2), distal convoluted tubule, connecting tubule & intermediate collecting ducts (DCT/CNT/IMCD). For each cell type, DEGs correlating with renal function were identified. Increased epithelial cell differentiation (PEC), negative regulation of inflammatory response genes (PT), increased expression of cell migration genes within Loop of Henle limbs & decreased cell adhesion (DCT/CNT/IMCD) appear to exhibit improved eGFR slopes. Conclusion: In a limited retrospective cohort of T2D&CKD patients reparative & restorative pathways can be detected with rilparencel’s effect on kidney function. Our approach might serve as a roadmap for unveiling the mechanism of action of cell-based therapies. Funding: Commercial Support - ProKidney
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».