A burden of rare copy number variants in obsessive-compulsive disorder
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Current genetic research on obsessive-compulsive disorder (OCD) supports contributions to risk specifically from common single nucleotide variants (SNVs), along with rare coding SNVs and small insertion-deletions (indels). The contribution to OCD risk from rare copy number variants (CNVs), however, has not been formally assessed at a similar scale. Here we describe an analysis of rare CNVs called from genotype array data in 2248 deeply phenotyped OCD cases and 3608 unaffected controls from Sweden and Norway. Cases carry an elevated burden of CNVs ≥30 kb in size (OR = 1.12, P = 1.77 × 10 −3 ). The excess rate of these CNVs in cases versus controls was around 0.07 (95% CI 0.02–0.11, P = 2.58 × 10 −3 ). This signal was largely driven by CNVs overlapping protein-coding regions (OR = 1.19, P = 3.08 × 10 −4 ), particularly deletions impacting loss-of-function intolerant genes (pLI >0.995, OR = 4.12, P = 2.54 × 10 −5 ). We did not identify any specific locus where CNV burden was associated with OCD case status at genome-wide significance, but we noted non-random recurrence of CNV deletions in cases (permutation P = 2.60 × 10 −3 ). In cases where sufficient clinical data were available ( n = 1612) we found that carriers of neurodevelopmental duplications were more likely to have comorbid autism ( P < 0.001), and that carriers of deletions overlapping neurodevelopmental genes had lower treatment response ( P = 0.02). The results demonstrate a contribution of rare CNVs to OCD risk, and suggest that studies of rare coding variation in OCD would have increased power to identify risk genes if this class of variation were incorporated into formal tests.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».