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Enregistrement W4403854947 · doi:10.1101/2024.10.27.620431

The EGFR ligand amphiregulin regulates genomic integrity by facilitating heterochromatin formation in response to replication stress

2024· preprint· en· W4403854947 sur OpenAlexaff
Tianqi Jiang, Aiman A. Zein, M.A. Christine Pratt

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueGenetic factors in colorectal cancer
Établissements canadiensUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésAmphiregulinCell biologyHeterochromatinIntracellularBiologyReplication (statistics)Fight-or-flight responseGeneticsGeneVirologyCell cultureEpidermal growth factor

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The EGFR ligand, amphiregulin (AREG) is a key mammary ductal cell differentiation and growth factor. AREG has also been detected in the nucleus of some epithelial cancers although the physiological stimulus and nuclear role are not known. Using immortalized mammary epithelial cells (MECs), we have discovered that AREG undergoes retrograde trafficking to the nuclear membrane (nAREG) in close proximity with lamin A where it is required to both maintain constitutive heterochromatin and transiently increases H3K9me3 in response to replication stress (RS). RS resulted in an increase in AREG protein, enhanced nuclear membrane prelamin A and increased heterochromatin protein, HP1α. In contrast, siRNA-mediated depletion of endogenous AREG reduced HP1α and SUV39h1 proteins accompanied by decompaction and reduction in H3K9me3 heterochromatin despite the presence of soluble AREG. The nuclear membrane (NM) was also impacted resulting in dissipation of the Ran-GTPase gradient, reduced matrix lamin A with increased invaginations. Moreover, AREG knockdown slowed replication fork speed, increased new replication origins and enhanced global transcription while promoting and exacerbating DNA damage in response to RS. DNA damage was most pronounced in AREG-depleted BRCA2 mut/+ MECs which entered senescence following RS, indicating an important nAREG-dependent role in genomic stabilization in these cells. Overall, this study reveals a novel and fundamental role for nAREG in heterochromatin maintenance and the response to RS, that is most critical in BRCA2 mut/+ MECs deficient in replication fork protection.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,260
Écart entre enseignants0,244 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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