Structured, inbred, and plastic: the genome and population genetics of the weed false cleavers (<i>Galium spurium</i>)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract False cleavers ( Galium spurium L.) is an aggressive weed from the Rubiaceae. Here we assemble a chromosome-scale draft of its genome, laying the foundations for determining the genetic basis of auxinic herbicide resistance and for systematic research into its polyphyletic genus. We use the genome to examine the population genetics of material from the Canadian Prairies and, in concert with a common greenhouse experiment, to examine whether the phenotypic variation observed in the field results primarily from genetic or environmental factors. The genome assembly covers approximately 85% of G. spurium ’s expected 360-Mbp genome size, with 94% of BUSCO (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) genes complete and most single copy (89%). Approximately 37% of the genome is repetitive elements and 35,540 genes were annotated using RNA-seq data, including 100 homologues for genes involved in, or potentially involved in, herbicide resistance. The genome shows strong synteny with other members of the Rubiaceae, including smooth bedstraw ( Cruciata laevipes Opiz) and robusta coffee [ Coffea canephora (Pierre ex Froehner]. Double-digested RAD-seq data for the 19 populations from the Canadian Prairies indicated that G. spurium has high levels of population structure (F ST = 0.54) and inbreeding (F IS = 0.86) with low levels of hetrozygosity (H O = 0.02) and nucleotide diversity (π = 0.0003). Variation in flowering time and seed weight largely overlapped among populations grown in the greenhouse. A redundancy analysis investigating genotype–phenotype associations showed few associations between single-nucleotide polymorphism (SNP) variation and these characteristics. In contrast, the majority of SNPs under selection were associated with mericarp hook density. This suggests that for most traits, environmental variation rather than genetic variation likely underlies phenotypic differences observed in the field. Several genes of interest, including several homologues involved in the assembly of the Skp1-Cullin-F-Box IR1/AFB E3 ubiquitin ligase complex (e.g., CAND1 , ECR1 ), are located in areas of the genome with evidence of selection and are targets for further investigation.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».