G-Quadruplex Recognition by Tetraalkylammonium Ions: A New Paradigm for Discrimination between Parallel and Antiparallel G-Quadruplexes
Notice bibliographique
Résumé
G-quadruplexes are an important class of noncanonical secondary structures of DNA that exist in the cell and are involved in the regulation of principal genomic events. Any regulatory role of a G-quadruplex in the genome is coupled with the attendant interconversions between the G-quadruplex and duplex states. Much effort has been invested in the quest for agents that can recognize individual G-quadruplexes and shift the associated duplex-G-quadruplex equilibria toward the G-quadruplex state. In this communication, we demonstrate that, notwithstanding their simplicity, tetraalkylammonium ions, [H(CH 2 ) n ] 4 N +, recognize and strongly stabilize the parallel c-MYC G-quadruplex, while not binding to the antiparallel human telomeric G-quadruplex or duplex DNA. The affinity of TAA + ions for the c-MYC G-quadruplex correlates with the length of the aliphatic side chains. Our CD spectral data suggest that the binding of tetraalkylammonium ions is external, not resulting in structural changes in the host G-quadruplex. The observed discriminatory power identifies tetraalkylammonium salts as a starting point for developing topology-selective G-quadruplex-binding agents.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».