Mpox virus pangenomics reveals determinants of subclade Ib
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Mpox, formerly monkeypox, is a viral zoonotic disease caused by the mpox virus (MPXV). MPXV, which is phylogenetically divided into Clades I and II, was declared a Public Health Emergency of International Concern for the second time in August 2024 due to rapid geographic expansion of Clade I viruses including the newly identified subclade Ib. With a unique set of genomic mutations and sustained human-to-human transmission, subclade Ib has rapidly spread throughout the eastern Democratic Republic of the Congo as well as neighboring non-endemic regions and outside the African continent. Currently, there is a lack of comparative genomic data with which to address the potential zoonotic transmissibility and pathobiology of subclade Ib. Here we report 105 protein-coding genes that are shared by all the queried MPXV subclade Ia, Ib, and IIb genomes. Our comparative genomic analysis identified that the core Clade I gene pair, OPG032 and OPG033 , is now a critical branching element for subclade Ia/Ib due to their loss in subclade Ib. These genes encode the complement control protein (a vaccinia virus ortholog associated with virulence), and a Kelch-like protein associated with pathogenesis, respectively, suggesting a functional evolution that might play an important role in the pathobiology of the new MPXV subclade Ib. Our results lay the groundwork to exploit the genomic elements of MPXV as potential targets for therapeutics development/repurposing, vaccine design, and molecular diagnostic expansion, as well as to uncover the viral diversity, and human-to-human transmission of MPXV.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».