Gene expression differences in differentially methylated sites associated with HIV status and cocaine use
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Epigenome studies of human HIV-1 (HIV) in whole blood have uncovered a growing list of differentially methylated genes associated with either HIV acquisition, disease progression, or both. Cocaine use is associated with increased disease severity, and methylation changes in some of the HIV-associated genes mediate this effect. Many of these genes are critical players in innate immune response, including both regulators and targets of interferon-alpha and NF-kB activation. However, no study to date has evaluated the gene expression dynamics for these genes in the context of HIV. Methods Targeted gene expression analyses were performed on 588 people who used illicit drugs within a harmonized cohort comprised of the Vancouver People Who Inject Drugs Study (VPWIDS) using RNAseq in whole blood, including 227 people living with HIV (PLWH). Eighteen genes were selected from six recent epigenome-wide association studies to test for differential expression by HIV status. Both gene-level and transcript-level expression changes were estimated using negative binomial regression models. Results Nine of the 18 target genes exhibited significant upregulation in PLWH after multiple hypothesis testing correction: EPSTI1, IFI44L, IFIT3, MX1, NLRC5, PARP9, PLSCR1, RIN2 , and RSAD2 . Transcript-level analysis detected additional upregulation of isoforms for genes CD44, RASSF3 , and TAP1 . Stratified analysis by cocaine use revealed MX1 and RSAD2 to be exclusively upregulated among PLWH who recently used cocaine. Pathway analysis identified significant dysregulation in the interferon alpha/beta signaling pathway. Conclusions We confirm the dysregulation of genes previously reported to have differential methylation among PLWH. Results from this study support the model of epigenetic changes altering gene expression for key immune genes such as NLRC5 and MX1 , and demonstrate systemic dysregulation of genes involved in innate immune function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».