S156 IPF associated DNA methylation and gene expression changes in lung fibroblasts: airway and parenchymal distinction and XY chromosome profiling
Notice bibliographique
Résumé
Rationale Idiopathic pulmonary fibrosis (IPF) is a progressive, fibrotic lung disease, that is predominant in men and has been associated with cell specific alterations to DNAm. Fibroblasts isolated from airways (AF) and parenchyma (PF) are phenotypically different. While most DNAm studies discard XY chromosome data during preprocessing, due to difference in profile compared to autosomal chromosomes, we developed a pipeline to interrogate XY DNAm. Here we investigated differential IPF associated gene expression (GE) and DNAm in AF and PF, including the XY chromosomes. Methods DNA and RNA were isolated from AF (8 non-IPF, 8 IPF) and PF (14 non-IPF, 8 IPF) at passage 4 (AllPrep DNA/RNA Mini Kit (Qiagen)). DNA was bisulphite-converted and DNAm profiled using the Illumina HumanMethylation EPIC BeadChip array. RNA was profiled by Affymetrix Human Gene 2.1 ST Array. IPF associations irrespective of fibroblast type (~Disease+CellType+Gender+Age) and specific to fibroblast type (~Disease*CellType+Gender+Age) were identified by linear modelling of autosomal and male X and male Y chromosomes separately (Benjamini-Hochberg, p<0.05). Expression quantitative trait methylation (eQTM) was used to investigate the association between differential GE and DNAm. Results On autosomal chromosomes, 12,287 probes and 166,329 methylation sites (CpGs) were differentially expressed and methylated in IPF fibroblasts compared to non-IPF fibroblasts, regardless of subtype (AF/PF). 92.87% of differentially expressed probes correlated with a methylation change in at least one CpG site (10,209,277 individual CpG-gene pairs). 249 probes and 20,522 CpGs were differentially associated with IPF in AF versus PF. 93.98% of cell specific IPF associated gene expression probes correlated with a methylation change (846,718 CpG-gene pairs). On the male X chromosome 4159 of 16,217 CpGs and 212 of 1542 probes showed differential methylation and expression in IPF versus non-IPF fibroblasts. On the male Y chromosome, 13 CpGs and 39 probes were differentially methylated and expressed. Fibroblast sub-type had minimal impact on differential expression and methylation on XY chromosomes. Conclusion DNAm is potentially an important cell-specific mechanism underlying differential GE in IPF, including changes on the XY chromosomes. Future work will further define XY chromosome DNAm and GE associations, and functionally characterise the role of DNAm in IPF GE in vitro.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,016 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».