Locally acquired typhoid fever outbreak linked to chronic carriage in Ottawa, Canada, 2018–2022
Notice bibliographique
Résumé
Background: serovar Typhi infections are uncommon and typically travel-related. In November 2021, Ottawa Public Health identified a link between two typhoid fever cases, with no recent history of international travel, to the same grocery store ready-to-eat counter. Objective: Typhi carriage in Ottawa, Ontario, Canada and provides recommendations for investigations of small-scale protracted outbreaks. Methods: We administered exposure questionnaires using a single interviewer approach, tested stool samples of contacts and food handlers, inspected food premises, collected food samples and reviewed takeout receipts. Social network, spatial and whole genome sequencing analyses were used to investigate additional possible links between cases. Results: Typhi carrier. Whole-genome sequencing confirmed that all eight isolates matched the outbreak cluster. All cases and carrier resided within an eight km radius in Ottawa. The chronic carrier worked as a food handler at various locations of a grocery store chain, including the implicated ready-to-eat counter. Transmission occurred via food handling, shared workspaces and social and household networks. Conclusion: The chronic carrier was excluded from food handling until successful completion of treatment and clearance testing. We overcame the challenges of a small but prolonged outbreak by identifying an asymptomatic carrier using a multi-method approach including whole genome sequencing and social network analysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,005 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».