Deciphering the role of Klf2 in CD8 T cell differentiation and exhaustion during chronic infection
Notice bibliographique
Résumé
Abstract T cell exhaustion, a state of dysfunction occurring during chronic infections and cancer, is marked by a progressive loss of effector functions and increased expression of inhibitory receptors. In chronic infection, CD8 T cells differentiate into TCF1+ progenitor (TPRO), CX3CR1+ effector (TEFF), and terminally exhausted (TEXH) subsets. The differentiation pathways are governed by complex transcription factor (TF) networks. Employing regulon analysis enabled by single-cell RNA+ATAC multiome sequencing, we dissected the TF networks orchestrating the fate of exhausted CD8 T cell populations. Our integrative analysis, complemented by single-cell CRISPR screening, highlighted Krüppel-like factor 2 (KLF2) as a pivotal TF necessary for maintaining TPRO cells and generating TEFF cells. Our research also revealed that KLF2 regulates the distinct distribution patterns of CD8 T cell subsets across organs. More intriguingly, multiomic analysis uncovered a novel function of Klf2 in limiting T cell exhaustion. Klf2-deficient CD8 T cells exhibited a marked increase in exhaustion signature genes. ATAC-seq and CUT&TAG assays further revealed different chromatin accessibility and histone modifications within Klf2 and its enhancers across CD8 T cell subsets. These insights underscore the differential transcriptional and epigenetic regulation of Klf2, presenting a novel mechanism that influences the cell fate decision of CD8 T cells during chronic infections.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».