Analyzing Extracellular Vesicle‐associated DNA Using Transmission Electron Microscopy at the Single EV‐level
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
Extracellular vesicles (EVs) play an important role in cell-cell communication, carrying bioactive molecules including DNA. EV-associated DNA (EV-DNA) has created enormous interest in the field of biomarkers, particularly related to liquid biopsy. However, its analysis is challenging due to the nanoscale structure of EVs, the low abundance of EV-DNA, and surrounding biogenetic debate. Therefore, novel protocols to enhance the accurate detection of EV-DNA are essential to study its role in normal physiology and disease states. Here, we provide two protocols for confirming the presence of EV-DNA from biological samples. In the first protocol, ultrathin sectioning of EVs is combined with immunogold labeling to detect the presence of double-stranded (ds) DNA within the EV lumen using transmission electron microscopy (TEM). In the second protocol, whole-mount EV immunogold labeling allows detailed morphological analysis of EVs and their surface-associated DNA. Using TEM imaging, we have demonstrated that cancer-cell-derived individual EVs exhibit simultaneous positivity for dsDNA and the EV surface protein tetraspanin 9. We believe that this method can be used to label any proteins of interest inside as well as on the surface of EVs. This can aid in the characterization of single EVs and in the identification and verification of EV-associated biomarkers. © 2024 The Author(s). Current Protocols published by Wiley Periodicals LLC. Basic Protocol 1: EV isolation from cell-culture-conditioned medium, EV embedding, ultrathin sectioning, labeling, and imaging Basic Protocol 2: Whole-mount immunolabeling of EV-DNA.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle