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Enregistrement W4404189838 · doi:10.1080/15476286.2024.2421665

Regulation of magnesium ion transport in <i>Escherichia coli</i> : insights into the role of the 5’ upstream region in <i>corA</i> expression

2024· article· en· W4404189838 sur OpenAlexafffund
Andréanne Bédard, Annie Michaud, Fanny Quenette, Neha Singh, Fátima Martins, Joseph T. Wade, Maude Guillier, Daniel A. Lafontaine

Notice bibliographique

RevueRNA Biology · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineNursing
ThématiqueMagnesium in Health and Disease
Établissements canadiensUniversité de Sherbrooke
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCentre National de la Recherche ScientifiqueNational Institutes of HealthAgence Nationale de la Recherche
Mots-clésEscherichia coliBiologyMagnesiumUpstream (networking)Escherichia coli ProteinsCell biologyIon transporterBiochemistryBiophysicsGeneChemistryMembrane

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In Escherichia coli, transport of magnesium ions across the cellular membrane relies on MgtA and CorA transporters. While the expression of mgtA is controlled by the two-component system PhoQ/PhoP and 5’ upstream region elements, corA expression is considered to be constitutive and not to depend on cellular factors. Importantly, the 5’ upstream region of corA is predicted to fold into structures highly similar to the magnesium-sensing mgtA 5‘ upstream region. Here using biochemical and genetic assays, we show that the intracellular concentration of magnesium ions affects corA expression. Similarly to mgtA, we find that the effect of magnesium ions on corA expression is mediated by the 5’ upstream region. We demonstrate that the RNA structure is important for regulation and that the Rho transcription factor is involved in the modulation of transcription termination. Consistent with previous studies, we find that translation of corL, a short ORF located within the 5’ upstream region, is important for corA regulation. Our data indicate that the efficiency of corL translation is inversely proportional to corA expression, similar to what has been described for mgtA and corA in Salmonella enterica. Using a novel assay to control the import of magnesium ions, we show that while the expression of mgtA is regulated by both extra- and intracellular magnesium ions, corA is regulated by variations in intracellular magnesium ions. Our results support a model in which the expression of corA is regulated by the 5’ upstream region that senses variations of intracellular magnesium ions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,298
Score d'incertitude au seuil0,282

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,246
Écart entre enseignants0,238 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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