IMMU-36. MULTI-OMIC CHARACTERIZATION OF A SYNGENEIC MOUSE CANCER STEM CELL MODEL OF GBM FOR PRECLINICAL APPLICATIONS
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Glioblastoma (GBM) is resistant to many therapies including immunotherapies. There is an urgent need to explore the role of the microenvironment in resistance to therapy with tailored pre-clinical models. Using multi-omic approaches we describe a syngeneic cancer stem cell mouse model of GBM, with a spontaneous amplification of Igf2. We investigate whether Igf2 influences tumour and microenvironment cells to promote immunosuppression in GBM. Three cell lines were previously established from spontaneous brain tumours in C57Bl/6 Trp53+/-/Nf1+/- mice and maintained under neural stem cell culture conditions. Whole genome sequencing (WGS) was used to determine single nucleotide, copy number, and structural variation, revealing loss of both copies of Trp53 and Nf1 in all three cell lines. However only one cell line, mBT0309, developed tumors when orthotopically allografted. Analysis of genomic alterations and transcriptomics revealed that mBT309 exhibits amplification of the Igf2 loci and overexpression was confirmed at the RNA and protein level. Spatial and single cell transcriptomics showed that Igf2 is overexpressed in mBT0309 allografted tumours and correlated with specific transcriptomic programs. A high-parameter Imaging Mass Cytometry (IMCTM) panel was used for spatial proteomic analysis, to monitor the development of tumours in a time-course experiment. In vitro growth characteristics and stem marker expression in both transcriptomic and spatial IMC data suggest that high levels of Igf2 may regulate GBM stemness features. Analysis of human GBM datasets revealed that Igf2 amplified tumours have reduced CXCL11 expression. These findings suggest that high levels of Igf2 may influence immunosuppression by reducing T-cell recruitment. This syngeneic immunocompetent GBM stem cell model harbouring Igf2 amplification adds to the suite of models to study the GBM microenvironment and its role in immunosuppression and resistance to therapy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».