Ischemia/Reperfusion Upregulates Genes Related to PANoptosis in Human Lung Transplants
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Activation of multiple programmed cell death (PCD) pathways has been reported in cellular and animal studies of ischemia/reperfusion injury in lung transplantation. However, the status of these pathways in human lung transplants remains unknown. This study investigates the involvement of PCD pathways and their relationship with inflammation and signaling pathways in human lung transplants. METHODS: Transcriptomic analysis was conducted on 54 paired human lung tissue samples at the end of cold preservation time and 2 h after reperfusion, collected between 2008 and 2011. Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) and single-sample GSEA were used to examine the activation of genes in 6 PCD pathways. The relationships between PCD pathways and inflammation, as well as signaling pathways, were assessed via single-gene GSEA. RESULTS: GSEA results indicated that apoptosis and necroptosis were significantly upregulated after reperfusion in human lung transplants, whereas the gene sets related to pyroptosis, ferroptosis, autophagy, and cuproptosis were not significantly upregulated. Notably, single-sample GSEA demonstrated an intricate interplay among pyroptosis, apoptosis, and necroptosis, collectively referred to as PANoptosis, which is further supported by enrichment of genes related to PANoptosome, inflammatory response, and nuclear factor-κB and interferon signaling pathways, via single-gene GSEA assays. CONCLUSIONS: This study demonstrated the genes of PANoptosis are upregulated in human lung grafts during reperfusion. The discovery of PANoptosis as an underlying mechanism of cell death in human lung grafts implies that effective therapeutics to prevent or reduce PANoptosis may alleviate ischemia/reperfusion injury and improve clinical lung transplant outcomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».